En Santa Fe, los servicios de transporte colectivo son operados por E.R.S.A.​ y Autobuses Santa Fe S.R.L.,​ junto con su subsidiaria Recreo S.R.L.​ Asimismo, existe la línea 2, propiedad de Continental T.P.A.S.A. (Rosario Bus S.A.),​ que se diferencia de las otras líneas, ya que cuenta con diferentes trayectos según la hora y el día. En Santa Fe, las paradas de autobús se encuentran cada 100 metros (una cuadra), mientras que en el centro están señalizadas y se ubican cada 200 metros. Por lo general, el servicio de autobuses funciona las 24 horas del día durante todo el año, con una frecuencia que varía de 7 a 60 minutos, dependiendo de la hora.

A partir del 18 de abril de 2013, se implementó el servicio “¿Cuándo pasa?”, el cual permite a los usuarios de transporte urbano de pasajeros conocer, a través de un mensaje de texto, una aplicación móvil o el sitio web correspondiente, el tiempo de espera de los próximos autobuses. Cada parada tiene asignado un número que se puede utilizar para consultar directamente, y en caso de que no lo tenga, se pueden proporcionar los nombres de las calles que se cruzan en esa ubicación.

En cuanto a las actualizaciones de la flota de autobuses, se ha incorporado cinco autobuses articulados. Uno de ellos pertenece a la línea 10, tres unidades se asignaron a la línea 5, uno a la línea 14 y los dos restantes corresponden a la línea 3. Estos autobuses manejan una tarifa única, que tiene el mismo valor que el boleto en efectivo establecido en las otras líneas.​ Desde el 1 de mayo de 2008, se han destinado unidades especiales para personas con movilidad reducida, que cuentan con rampas especiales para facilitar el acceso. Estas unidades están en funcionamiento en las líneas 5, 9 y 14.

Para utilizar el servicio de autobuses, es necesario pagar un pasaje. A partir de la segunda semana de agosto de 2016, se implementó en Santa Fe el Sistema Único de Boleto Electrónico, conocido como SUBE, el cual ya se utiliza en el Área Metropolitana de Buenos Aires, Mar del Plata, Paraná y otras ciudades argentinas.​ Este sistema reemplazó por completo la tarjeta amarilla anterior, que dejó de circular el 1 de septiembre de 2016, al igual que las monedas. A diferencia de los métodos anteriores, con SUBE no es necesario informar al conductor sobre el tipo de pasaje y la forma de pago, ya que todos los datos se encuentran en la tarjeta inteligente.​ La tarjeta puede ser recargada en kioscos, minimercados, a través de internet mediante la plataforma Pago Mis Cuentas y en cajeros automáticos de la red Banelco, y una vez que se agote el saldo, se descuenta automáticamente un extra de $20, que se deducirá en la próxima carga.​ La SUBE escolar y la tarifa social son beneficios que se otorgan a estudiantes de 4 a 14 años y a personas que tienen algún tipo de tarifa diferencial, respectivamente.

El 3 de mayo de 2017 se inauguró el Metrobús de Santa Fe, también conocido como Metrofé, que consiste en un sistema de carriles exclusivos para uso de los autobuses, formando parte del sistema de autobuses de tránsito rápido. Este sistema abarca una distancia de 5,7 km a lo largo de la Avenida Blas Pareras en la zona norte de la ciudad y cuenta con un total de 30 paradas, distribuidas equitativamente en ambos sentidos, aproximadamente cada 400 metros. El recorrido comienza en la parada Martín Zapata, en la intersección de Blas Parera y Fray Cayetano Rodríguez, en la esquina del Cementerio Municipal, y termina en dirección norte en la parada Chaco, cuando la avenida se cruza con Teniente Loza. A lo largo de esta ruta circulan las líneas 1, 1 bis, 3, 5, 9, 15 y Recreo, además de los autobuses interurbanos, lo que ha permitido reducir la duración del viaje en un 40%.